Elemi és középiskoláit Pozsonyban végezte, majd a Pázmány Péter Hittudományi Akadémián szerezte meg diplomáját 1928-ban. Felszentelés után öt évvel Rómába került az Egyházzenei Intézetbe gregorián- és kompozíció szakra. 1929-ben a gregorián zene licenzátusa, 1931-ben a gregorián ének mestere lett.

lemi és középiskoláit Pozsonyban végezte, majd a Pázmány Péter Hittudományi Akadémián szerezte meg diplomáját 1928-ban. Felszentelés után öt évvel Rómába került az Egyházzenei Intézetbe gregorián- és kompozíció szakra. 1929-ben a gregorián zene licenzátusa, 1931-ben a gregorián ének mestere lett. Teológiai és zenei tanulmányai befejezéseként doktori címet szerzett. Római tanulmányainak befejeztével visszatért Szombathelyre, s a szeminárium tanára lett. (1933.) Ebben az évben megkezdte a rövid idő alatt országosan is ismertté vált Schola Cantorum Sabariensis (fiúkórus) szervezését.

1933-36-ig püspöki szertartó és levéltáros is. Ír, előadásokat szervez, részt vesz a Vas megyei Kultúregylet zenei szakosztályának tevékenységében. 1936-42-ig óraadó tanára a Zeneakadémiának. A II. világháború a Regnum Marianum igazgatójaként találja. 1951-ben bezárták a Regnum Épületét, Werner Alajost nyugdíjazták. Ezután két évig a Központi papnevelő Intézet prefektusa lett, de 1952 nyarán innen is távoznia kellett. Máriaremetén kántorkodott bebörtönzéséig. Kisebb-nagyobb megszakításokkal 1967 karácsonyáig börtönbüntetését töltötte. Szabadulása után hosszú évekig rendőri felügyelet alatt állt. Máriaremetén volt kántor haláláig.